Die Pflanzenquarantäne kümmert sich darum, dass neue Pflanzenkankheiten und Schädlinge beim internationalen Handel mit Pflanzen möglichst nicht über Ländergrenzen hinweg verschleppt werden.

Deswegen werden Exporte (Ausfuhren aus der EU hinaus) und Importe (Einfuhren von außerhalb der EU) pflanzlicher Sendungen phytosanitär (pflanzengesundheitlich) untersucht.

Darüber hinaus wird auch der Anbau und Handel von bestimmten Pflanzen phytosanitär überwacht (Monitoring auf gefährliche Schaderreger, Binnenquarantäne, Pflanzenpass).