Der Anbau der meisten Kleearten erfolgt entweder als Blanksaat oder als Untersaat unter Getreidedeckfrüchte wie Sommergerste bzw. Grünhafer. Aufgrund der geringen Korngröße ist die Voraussetzung für einen lückenlosen Aufgang ein gleichmäßiges, gut abgesetztes, klutenfreies Saatbett. Ein Anwalzen nach der Saat ist deshalb sinnvoll. Die vorgeschriebenen Saattiefen sind einzuhalten. In Blanksaaten hilft oft bereits ein Schröpfschnitt, die Unkräuter zu unterdrücken. Ist eine chemische Unkrautbekämpfung notwendig, sollte diese, wenn möglich, im ersten Aufwuchs erfolgen.
Zur Bekämpfung breitblättriger Unkräuter in Klee und Luzerne steht dem Anbauer nur eine geringe Auswahl an Herbiziden zur Verfügung.
Insektizidbehandlungen können ebenfalls nur in Vermehrungsbeständen praktiziert werden.
Da zum einen nur für wenige Kleearten Zulassungen bzw. Genehmigungen zur Unkrautbekämpfung bestehen, zum anderen die Wirkungsbreite dieser Herbizide sehr eingeschränkt ist, besteht die Möglichkeit, dass die zuständige Behörde nach § 18b PflSchG auf Antrag im Einzelfall ein zugelassenes Mittel in einem anderen als in der Zulassung festgesetzten Anwendungsgebiet genehmigen kann. Jeder Anwender muss sich vor der geplanten Behandlung informieren, ob für das Anwendungsgebiet entsprechend bundesweit zugelassene bzw. nach §§ 18, 18a PflSchG genehmigte Mittel zur Verfügung stehen. Ist das nicht der Fall, kann ein Antrag auf Genehmigung im Einzelfall nach § 18b PflSchG gestellt werden. Neben Einzelanträgen können auch Sammelanträge gestellt werden. Besonders in Beständen zur Saatguterzeugung sind diese Genehmigungen meist unkompliziert, da die Rückstandsproblematik nicht relevant ist. In der Regel wird die Genehmigung für zwei Jahre (Ende des zweiten Kalenderjahres) erteilt, kann aber jederzeit widerrufen bzw. durch Zulassungsende oder Ruhen der Zulassung vorfristig beendet werden.
Vom Antragsteller ist zu beachten, dass Minderwirkungen und mögliche Schäden an den Kulturpflanzen im eigenen Verantwortungsbereich liegen. Vor dem Mitteleinsatz ist deshalb die Pflanzenverträglichkeit unter betriebsspezifischen Bedingungen zu prüfen.